La rama de la microbiología que estudia los microorganismos en el agua y alimentos, y superficies en general, se le llama microbiología sanitaria. Si bien, existe una gran variedad de factores ecológicos que son determinantes para su activación y crecimiento, en realidad, esta rama de la ciencia se encarga de estudiar de manera minuciosa la forma en como se preparan los alimentos y bebidas para consumo humano.

En México, la industria restaurantera debe cumplir con una serie de requisitos importantes para realizar la preparación de alimentos de manera adecuada y 100% higiénica. Es necesario realizar monitoreos constantemente, para conocer la calidad de los alimentos a nivel microbiológico, y asegurar la aceptabilidad de estos productos en el mercado para consumo humano. Su objetivo es garantizar el consumo de productos inocuos y evitar las enfermedades transmisibles por alimentos.  

Los monitoreos microbiológicos consisten en analizar la materia prima con la que se preparan los alimentos, el monitoreo de las superficies y utensilios de cocina, evaluación de la calidad del agua y el análisis microbiológico de los productos terminados.